水垢的热阻也高于换热器的管壁，会影响传热效率，升高冷凝压力。当冷凝器内水管壁结水垢1.5mm时，冷凝温度就要比原来的温度上升2.8℃，耗电量增加百分之九点七。另外水垢还会增加降温水的流动阻力，增加水泵的能耗。
预防和清理水垢的方法可以使用电子磁水器除垢防垢、化学酸洗除垢、机械除垢等。优先选用热气融霜代替电加热融霜，减少耗电。可以利用压缩机排热作为融霜热源。冲霜回水的温度一般比冷凝器进水温度低7~10℃，经过处理后可以作为冷凝器的降温水，降低冷凝温度。
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