制冷系统运行时，冷凝器除放油阀和放空气阀关闭外，其余各阀均应开启。水冷式冷凝器的冷凝压力不应超过1.5兆帕，否则应查明原因并及时排除。冷凝器管壁上的污垢要定期清理污垢厚度不得超过1毫米，一般每年清理一次。
经常检查冷凝水的温度和水量，冷凝水进出口的温差约为2-4记，一般冷凝需求温度比冷凝水出水温度高3-5℃。压缩机全部停机15分钟后，才可停止向冷凝器供水。冬季长时间停止工作时应将存水放净，以免冻坏设备。
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